Esta capilla, que originalmente formaba parte del hospital erigido en el lugar durante el siglo XVI (actualmente inexistente), está documentada desde 1520 y tiene su origen en una epidemia que se declaró en la centuria de 1400 y que provocó una gran mortandad entre los habitantes de Maçanet. La gente, atemorizada, prometió edificar un hospital y una iglesia dedicados a san Sebastián para invocar su protección. El hospital estuvo en uso hasta el siglo XVIII y, posteriormente, la imagen del santo se trasladó a la iglesia parroquial. La capilla es de planta rectangular, tiene un campanario de espadaña y la puerta y las ventanas son de dintel monolítico rectangular. Una vez edificada toda la calle de san Sebastián, el que había sido hospital se dedicó a otras funciones (cárcel municipal, guardería infantil y habitáculo) y, en la actualidad, una vez restaurado, se utiliza para realizar diferentes actividades.